企业以房屋土地等不动产出资，投资方涉及增值税、土地增值税、企业所得税。被投资方涉及契税。另外投资方和被投资方均涉及印花税。
一、增值税。《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件一《营业税改征增值税试点实施办法》第一条规定，“在中华人民共和国境内销售服务、无形资产或者不动产的单位和个人，为增值税纳税人，应当按照本办法缴纳增值税，不缴纳营业税。”第十条规定，“销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产等。”第十一条规定，“有偿，是指取得货币、货物或者其他经济利益。”股东以不动产出资需要办理转移登记手续，属于转让行为；股东取得的股权系其他经济利益，属于有偿。因此，企业以不动产投资入股系有偿转让不动产行为，属于增值税应税交易，出资方应当缴纳增值税。
二、土地增值税。根据《财政部 税务总局关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的公告》(财政部 税务总局公告2021年第21号)第四条规定：“单位、个人在改制重组时以房地产作价入股进行投资，对其将房地产转移、变更到被投资的企业，暂不征土地增值税。……五、上述改制重组有关土地增值税政策不适用于房地产转移任意一方为房地产开发企业的情形。因此，企业房屋土地等不动产出资是否缴纳土地增值税应区分情况：投资方或被投资方中任何一方为房地产开发企业，均应当缴纳土地增值税。双方均不是房地产开发企业的，则暂不征收土地增值税。
三、企业所得税。企业以房屋土地等不动产出资，视同销售不动产取得资金和取得资金投资入股两笔业务同时发生。因此企业应就不动产的公允价值扣除成本后的余额作为转让所得并入当期应纳税所得额计算缴纳企业所得。但企业以房屋土地等不动产出资实际上并未取得现金收入，考虑到实际情况，《财政部 国家税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》（财税〔2014〕116号）规定，企业以非货币性资产对外投资，应对非货币性资产进行评估并按评估后的公允价值扣除计税基础后的余额，计算确认非货币性资产转让所得。企业以非货币性资产对外投资，应于投资协议生效并办理股权登记手续时，确认非货币性资产转让收入的实现。企业以非货币性资产对外投资，确认的非货币性资产转让所得，可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。
四、契税。《契税法》第一条规定，在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照本法规定缴纳契税。第二条规定，以作价投资（入股）、偿还债务、划转、奖励等方式转移土地、房屋权属的，应当依照本法规定征收契税。以投资入股方式转移不动产权属的，应当征收契税，但契税的纳税人为承受不动产的单位或个人，故应当由投资入股的公司缴纳契税。
《财政部 税务总局关于继续执行企业、事业单位改制重组有关契税政策的公告》（财政部 税务总局公告2021年第17号）规定：“同一投资主体内部所属企业之间土地、房屋权属的划转，包括母公司与其全资子公司之间，同一公司所属全资子公司之间，同一自然人与其设立的个人独资企业、一人有限公司之间土地、房屋权属的划转，免征契税。母公司以土地、房屋权属向其全资子公司增资，视同划转，免征契税。”注意：母公司以土地、房屋权属向其全资子公司“增资”免征收契税。“增资”顾名思义就是增加现存公司的注册资本及实收资本，如果以房屋土地等不动产投资新设全资子公司不属于契税免税范围。
五、印花税。《印花税法》第一条规定，在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税。在中华人民共和国境外书立在境内使用的应税凭证的单位和个人，应当依照本法规定缴纳印花税。第二条规定，本法所称应税凭证，是指本法所附《印花税税目税率表》列明的合同、产权转移书据和营业账簿。其中《印花税税目税率表》“产权转移书据”项下包括“土地使用权、房屋等建筑物和构筑物所有权转让书据（不包括土地承包经营权和土地经营权转移）”。因此，企业以不动产投资入股属于“产权转移数据”，出资方和被投资方均应当按照“产权转移数据”缴纳印花税。另外，被投资方增加的实收资本以及资本公积增加部分还应当按照“营业账簿”缴纳印花税。
