卫生法的基本原则是卫生立法的指导思想和基本依据，是卫生法所确认的卫生社会关系主体及其卫生活动必须遵循的基本准则，在卫生司法活动中起指导和制约作用。主要原则包括
1.卫生保护原则：卫生保护原则有两方面的内容：第一，人人有获得卫生保护的权利。任何人都有权获得卫生保护，同时他们依法所取得的卫生保护权益都受同等的法律保护。第二，人人有获得有质量的卫生保护的权利。
2.预防为主原则：卫生法实行预防为主原则，首先是由卫生工作的性质所决定的。预防在本质上是积极地、主动地与疾病作斗争。预防的目的是建立和改善合乎生理要求的生产和生活环境，保护人体健康，防止疾病的发生和流行。其次是由我国经济社会发展水平所决定的。我国是发展中国家，医疗保障水平还不高，人们医疗费用支付能力比较低，所以，卫生工作只能把重点放在预防上。无病防病，有病治病，防治结合，是预防为主原则总的要求。
3.公平原则：所谓公平原则就是以利益均衡作为价值判断标准来配置卫生资源，协调卫生服务活动，以便每个社会成员普遍能得到卫生服务。公平原则的基本要求是合理配置可使用的卫生资源。任何人在法律上都享有平等地使用卫生资源的权利，但是，个人可以使用的卫生资源的范围和水平，客观上要受到卫生资源分布和分配的影响。这里的公平不是指人人获得相同数量或者相同水平的卫生服务，而是指人人达到最高可能的健康水平。公平不是一个单一的、有限的目标，而是一个逐步改善的过程。
4.保护社会健康原则：本质上是协调个人利益与社会健康利益的关系，它是世界各国卫生法公认的目标。人具有社会性，要参与社会的分工和合作，所以就要对社会承担一定的义务。这个义务就是个人在行使自己的权利时，不得损害社会健康利益。这是个人对公众的责任。
5.患者自主原则：保护患者权利的观念是卫生法的基础，而患者的自主原则是患者权利的核心。所谓患者自主原则，是指患者经过深思熟虑就有关自己疾病的医疗问题作出合理的、理智的并表示负责的自我决定权。它包括：①有权自主选择医疗机构、医生及其医疗服务的方式;②除法律、法规另有规定外，有权自主决定接受或者不接受某一项医疗服务;③有权拒绝非医疗性服务等。我国目前还没有专门的患者权利保护法，但我国现行的卫生法律、行政法规都从不同角度对患者权利，如医疗权、知情权、同意权、选择权、参与权、隐私权、申诉权、赔偿请求权等，作了明确、具体的规定。
